A estrutura acadêmica da faculdade se organiza em quatro departamentos, que respondem pelo ensino, pela pesquisa e pelas atividades clínicas.
ODR
Departamento de Odontologia Restauradora
CPC
Departamento de Clínica, Patologia e Cirurgia Odontológicas
OSP
Departamento de Odontologia Social e Preventiva
SCA
Departamento de Saúde Bucal da Criança e do Adolescente
Os contatos das chefias e secretarias de cada departamento estão no catálogo telefônico.